Corona virüsünün Türkiye’ye özgü varyantı var mı? Hastalığın şiddetini, hastanın tedaviye ya da aşıya vereceği yanıtı belirleyen faktörler genetik özelliklerde saklı olabilir mi? Sağlık Bilimleri Üniversitesi (SBÜ) Deneysel Tıp Uygulama ve Araştırma Merkezi’ndeki ekip bu soruların yanıtını arıyor.
Türkiye’de de yaygın olarak görülen Delta varyantı, ülkelerin salgın yönetimi planlarında değişikliklere neden oldu. Kimi ülkelerde kaldırılan kısıtlamalar yeniden uygulamaya alınırken, aşılamanın yaygınlaşması için çalışmalar sürüyor. Delta ve potansiyel diğer varyantlar üçüncü doz aşı uygulamasının devreye alınmasına da yol açtı. Virüs varlığını tespit eden PCR testlerinin güvenilirliği bazı kesimlerde sorgulanır hale geldi.
Bir varyant salgının seyrinde bu kadar etkili olurken, Türkiye’ye özgü bir varyant gelişip gelişmediği henüz bilinmiyor.
SBÜ Deneysel Tıp Uygulama ve Araştırma Merkezi’ndeki laboratuvarda 20 kişilik ekip aralıktan bu yana devam eden çalışmalarıyla bu soruya birkaç ay içinde yanıt bulmayı amaçlıyor.
Türkiye’nin en büyük genom çalışmalarından birinde ayrıca hastalığın şiddetinin kişinin genetik özelliklerine göre değişip değişmediği de araştırılıyor.
DHA’ya konuşan SBÜ Hamidiye Tıp Fakültesi Biyoistatistik ve Tıbbi Bilişim Anabilim Dalı Başkanı ve Biyoistatistik ve Biyoinformatik Araştırma ve Uygulama Merkezi Müdürü Dr. Faruk Berat Akçeşme, çalışmadan elde edilecek sonuçların, Covid-19’un teşhisinden tedavisine pek çok ezberi değiştirebileceğine işaret etti.
Genom çalışmalarında varyant tespitlerinin stratejik öneme sahip olduğunu vurgulayan Dr. Akçeşme sözlerini şöyle sürdürdü: “Dünyanın her yerinde Covid-19 için biyolojik veri bankaları var. Buralara dünyanın her yerinden yüklenen genom dataları var. Biz de ülkemizin farklı coğrafyalarından topladığımız numunelerden o numunelere ait genomları izole ederek bu genomlar üzerinde varyasyon analizleri yapıyoruz. Hedefimiz dünyadaki farklı varyasyonların ülkemizde görülüp görülmediğini tespit etmek, ayrıca Türkiye’de, dünyada şimdiye kadar hiç görülmemiş özgün bir varyasyon var mı, bunun cevabını bulmak. Bunda da aslında nihai amaç, numuneleri temin ettiğimiz hekimlerimize bir geri bildirimde bulunarak, hastaların hangi virüsle enfekte olduklarını ve hastalığa ait prognozun (gidişatın) varyantlarla ne şekilde ilişkisi olduğuna dair bir veri oluşturmak.”
Şimdiye dek Erzurum, Trabzon, Adana, Konya, İzmir ve Sakarya’dan numuneler aldıklarını belirten Akçeşme numune sayısının 500’ü geçtiğini anlattı. Numunelerin tamamının varyasyon analizlerinin yapıldığını ifade eden bilim insanı, hedefin en az 1000 örneğe ulaşmak olduğunu belirtti.
Projenin ikinci ayağının çok daha önemli olduğuna dikkat çeken Dr. Akçeşme şu bilgileri verdi: “Acaba hastalığın şiddetini belirleyen bir genetik belirleyici var mı? Türkiye gibi genetik heterojenitesi (çeşitliliği) çok yüksek olan ülkelerde bu soru daha anlam kazanıyor aslında. Zira Covid-19 hastalığının şiddetini etkileyen böyle bir genetik belirleyiciler varsa, bunu tespit etmemiz çok stratejik önem ifade ediyor. Aşılara yanıtımız, hastalığın şiddetinin nasıl olacağı, hastanın tedaviye vereceği yanıt, bunları bizim bazı genetik faktörlerimiz etkileyebiliyor. İşte biz bu minvalde Türkiye’nin yine farklı coğrafyalarından beş farklı hasta kategorisine ait numune temin ettik. Bunlar, yoğun bakımda yatan hastalar, yoğun bakımda kaybedilen hastalar, hastane ihtiyacı olmuş ama yoğun bakıma girmemiş hastalar ya da Covid’e hiç yakalanmamış, birinci derece akrabalarında da hiç Covid görülmemiş kişilerin numunelerini farklı kategorilerde topladık. Bunların da genom analizlerini yaparak, biyoinformatik analizlerle acaba onların genomlarında bu hastalığın şiddetini farklılaştıran bir genetik belirleyici var mı onu inceliyoruz. Hastanın Covid’i hangi şiddette, ne şekilde geçireceği bir hekim tarafından genetik bir testle anlaşılabilirse, daha hasta hastaneye intikal eder etmez onun kişiselleştirilmiş bir tedavi yöntemi ile tedavi edilmesi sağlanabilir. Zaten bilim dünyasının aslında bu alanda yeni yaklaşımı bu. Dolayısıyla genom analizleri çok kıymetli hale geldi.”
Dr. Akçeşme, çalışma sonuçlarının PCR test kitlerinin güncellenmesi açısından da önemli olduğunu belirterek “Virüsün yeni kazandığı özelliklerle PCR testinin güvenirliği de değişebiliyor. Yaptığınız genom çalışmalarında eğer PCR’ın çalıştığı bölgelerde bir mutasyon görürsek, evet bu PCR testleri güvenilirliğini yitiriyor diyebiliyoruz. Dolayısıyla genom çalışmaları PCR temelli tanı kitleri için de çok kıymetli.”
