Özel Yetkili Mahkemeler’in kaldırılmasının ardından, HSYK tarafından bu mahkemelerde görev yapan hâkim ve savcıların görev yerleri değiştirildi. HSYK kararnamesiyle aralarında Ergenekon ve Balyoz davaları hâkimlerinin de bulunduğu 271 hâkim ve savcı atandı.
Atamalarda dikkat çeken isimler şöyle: Ergenekon davasına bakan İstanbul 13’ncü Ağır Ceza Mahkemesi Başkanı Hasan Hüseyin Özese Sakarya Hakimliği’ne, aynı mahkemenin üyelerinden Sedat Sami Haşıloğlu Trabzon Hâkimliği’ne ve Hüsnü Çalmuk Kocaeli Hâkimliği’ne atandı. Yolsuzluk operasyonunu yürüten savcılardan Celal Kara ise Afyonkarahisar Cumhuriyet Savcılığı’na atandı. Ankara Cumhuriyet Başsavcı vekili Hüseyin Görüşen İzmir Cumhuriyet Savcılığı’na atandı.